Кибернетический подход предполагает наличие определенной заранее цели, к которой самостоятельно стремится система, вокруг которой она самоорганизуется. Синергетический подход не требует цели. С его точки зрения как эффект кооперации между различными элементами системы проявляется самоорганизованность.

И синергетика, и кибернетика придают важнейшее значение такому понятию, как «управление», преследуя при этом различные цели. Кибернети…ка разрабатывает методы и алгоритмы, которые позволяют управлять данной системой для того, чтобы она действовала заданным заранее образом. В процессе эксперимента в синергетике изменяются определенным образом различные управляющие параметры, и самоорганизация исследуется как реакция на них, то есть на различные состояния, в которые переходит система под воздействием на нее подобных рычагов управления. То есть под действием определенного управляющего органа организуется кибернетическая система, а в синергетической на ее поведение не влияют непосредственно управляющие параметры. Они лишь запускают механизм внутренней самоорганизации. И у синергетических, и у кибернетических систем поведение выглядит целенаправленным, но в первом случае система выбирает сама путь развития к более высокой своей организации, а во втором цель эта заранее задается.