Системология, общая теория систем, теория самоорганизации и теория сложности физических, информационных, биологических, социальных систем — основные направления научных исследований Института.

Исследование сложных систем, определение фундаментальных понятий, принципов и закономерностей сложных открытых динамических и самоорганизующихся систем, как наиболее распространенных в природе, главная задача деятельности Института.

Институт образован как частное некоммерческое научно-образовательное учреждение. Развитие фундаментальной науки последние десятилетия происходит в основном в научных школах образовательных учреждений. Несмотря на огромные достижения советской академической науки, значительные научные успехи как в России так в остальном мире в настоящее время связаны с образовательными учреждениями. Все большую роль в научных исследованиях выполняют молодые специалисты не отягощенные грузом устоявшихся научных догм. Коллективный принцип организации науки близок к коллективному принципу образования. Процесс научного познания является продолжением образовательного процесса. В начале пути для индивидуума все закономерности являются непознанными. Грань между познанными человечеством законамии непознанными для индивидуума в начале призрачна. Кажется нужно просто взять следующий учебник где описаны эти закономерности. В момент осознания что этот учебник нужно писать самому происходит превращение из ученика в ученого. Коллективное обучение дает также навыки коллективной работы в научных исследованиях. Аакадемик А.В.Гапонов-­Грехов так выразил эту мысль: “Исследовательский процесс — это, с одной стороны, свобода индивидуального творчества, вдохновение, с другой — жесткая регламентация коллективного труда. Эти две составляющие исследовательского процесса наиболее гармонично сочетаются в научной школе — коллективе ученых, объединённых некими общими идеями, целями, взглядами на научное творчество и, может быть, даже на жизнь.” (Вестник Российской академии наук, 2003, т.73, №1, с.30). Исходя из этих принципов направления деятельности включает не только научную фундаментальную составляющую, но и образовательную часть.

Междисциплинарное направление научной деятельности Института в новой не изученной обширной области естествознания делает необходимым развитие новых направлений и подходов к исследованиям. Основой исследовательского процесса является не закрытый коллектив научных работников института, а открытая система коллективного научного познания. Институт представляет собой по сути площадку для коллективного научного творчества неограниченного количества исследователей. Их связь с другими исследователями осуществляется как через каналы института, так и межличностное общение. Коллектив института состоит из трех частей: штатные члены постоянно работающие в Институте, привлекаемые научные работники по направлениям или целевым программам и нештатные члены Института, осуществляющие исследовательскую работу на основе собственной мотивации. Штатные члены института выполняют в основном управленческо-хозяйственные, организационные, методические функции связанные с научной и образовательной деятельностью института. В число штатных членов Института входят также научные сотрудники постоянно осуществляющие деятельность по направлениям Института. Привлекаемые научные работники приглашаются в Институт для выполнения целевых исследовательских программ, специальных исследований , а также проведения работ связанных с образовательной деятельностью Института. Междисциплинарные исследования Института требуют привлечения ведущих научных работников по многим научным направлениям, в том числе для фундаментальных исследований. Фундаментальные закономерности науки о сложном, проявляющиеся в физических, биологических и даже социальных системах делают невозможным создание научной школы ограниченным количеством ученых в одном географическом месте. Наибольшее количество сотрудников Института, это нештатные члены. Символично, что для изучения закономерностей открытых систем потребовалось создание открытой исследовательской системы Института. Подсистема нештатных членов Института основное время работы находится в виртуальном состоянии. Результаты работы членов Института публикуются на официальном сайте и периодическом издании. После публикации исследований за авторами закрепляется приоритет на значимые научные достижения. Институт предоставляет всем членам средство для обмена мнениями на официальном и тематических сайтах, в блогах и научно-социальной сети. Не реже одного раза в год проводятся конгрессы и конференции по направлениям исследований Института.

Методология научного интерактивного познания впервые примененная в Институте, является самостоятельным направлением изучения и развития. Наука, а особенно фундаментальная, до сих пор была уделом закрытых коллективов, научных лабораторий и ограниченного числа «посвященных». Концепция открытого коллективного исследования с привлечением большого количества творческих членов до сих пор никогда и ни где не применялась. Конвергенция информационных и телекоммуникационных систем сформировала обширные возможности коллективного научного исследования независимо от времени суток, местоположения, степени мобильности членов исследовательской группы. Сама группа исследователей может быть сколь угодно большой и включать членов с этническими, языковыми, расовыми, социальными порогами коммуникаций. Членами иследовательской группы могут быть индивидуумы, которые не смогли бы работать в традиционном научном коллективе. Появились предпосылки для эффективного использования информационных ресурсов. Накопление данных в современном информационном мире происходит с экспоненциальной возрастающей скоростью. Уже сегодня накопленный, сохраняемый и резервируемый объем данных превышает возможности восприятия любым ограниченным научным коллективом, и скоро превысит объем информации которую способно переработать все человечество. Наиболее важной задачей в настоящем становится возможность понять, осмыслить и сделать выводы из накопленной информации. Только в этом случае мы перейдем от «информационного общества» к «когнитивному обществу», когнитивной глобальной системе.